Reggente di Storia Naturale al Liceo dal 1861 al 1863, e dal 1867 al 1870, quando assunse la titolarità, nel 1872 divenne libero docente presso l'Università di Messina. Fu il primo ad occupare, nel 1876, la cattedra universitaria di Mineralogia e Geologia.

Meritò numerose onorificenze per le sue appassionate ricerche, organizzate in quasi un centinaio di pubblicazioni, sulla costituzione geologica dei terreni terziari, sul cretaceo medio dell' Italia meridionale, sulla paleontologia malacologica, etc...; fu consigliere comunale dal 1862, Vice Presidente del Consiglio Provinciale di Sanità, Presidente dell'Accademia Peloritana, fondatore del Gabinetto Geologico Provinciale.

A Giuseppe Seguenza è intitolato oggi uno dei due Licei Scientifici della città.